1964 liepos 20 d. Įsteigta Naftos žvalgybos ekspedicija ir pradėti naftos darbai Lietuvoje.

1966–1969 m. surasti Šiūparių, Plungės, Pietų Šiūparių ir Vilkyčių naftos telkiniai. Pastarieji du pagal geologinius išteklius yra vieni didžiausių Lietuvoje.

1970–1982 m. Toliau vykdant naftos paieškos ir žvalgybos darbus rasti Deglių, Vėžaičių, Šilalės, Pocių, Ablingos, Sakučių ir Lauksargių telkiniai.

1983 m. Aptikti du naftos telkiniai silūre – Kudirkos ir Lapgirių.

1984 m. Naujoje naftingoje zonoje rastas vienas didžiausių Lietuvoje Genčių naftos telkinys.

1988–1992 m. Aptikti Kretingos, Nausodžio ir Girkalių naftos telkiniai kambro horizonte ir Šiaurės Bliūdžių silūro horizonte.

1990 m. Pirmą kartą Lietuvoje pradėta pramoninė naftos gavyba iš Vilkyčių, Genčių ir Kretingos naftos telkinių. Iki 1990 metų beveik visi aptikti telkiniai buvo išžvalgyti, o jų ištekliai aprobuoti Valstybinės komisijos.

1991 m. Naftos žvalgybos ekspedicija reorganizuota į Gargždų valstybinę naftos geologijos įmonę.

1993 m. LR Vyriausybė nusprendė steigti bendrąją įmonę Genčių telkiniui eksploatuoti. Įsteigiama bendra Lietuvos ir Švedijos įmonė UAB „Genčių nafta“, kurioje Gargždų valstybinė naftos gavybos įmonė turi 50 proc. akcijų.

1995 m. Gargždų valstybinė naftos geologijos įmonė reorganizuota į akcinę bendrovę „Geonafta“. LR Vyriausybės sprendimu įsteigiama dar viena bendra įmonė – UAB „Minijos nafta“, kurioje „Geonafta“ ir Danijos investuotojai turi po 50 proc. akcijų. Šiai įmonei perduodamos licencijos eksploatuoti Pietų Šiūparių, Šiūparių, Vilkyčių, Deglių ir Pocių telkinius.

2000 m. AB „Geonafta“ kontrolinį akcijų paketą viešajame tarptautiniame konkurse įsigijo Lietuvos ir Lenkijos investuotojų valdoma UAB „Naftos gavyba“. Privatizavimo metu „Geonafta“ turi licencijas eksploatuoti Girkalių, Kretingos ir Nausodžio telkinius bei vykdyti paieškos ir žvalgybos darbus Plungės licenciniame plote.

2001 m. AB „Geonafta“ įsigijo 50 proc. UAB „Manifoldas“, turinčios licencijas išgauti naftą Ablingos ir Vėžaičių telkiniuose, akcijų, tuo galutinai padidindama savo įtaką visose Lietuvos naftos bendrovėse.

2004 m. AB „Geonafta“ naftos gavyba pasiekė 105,7 tūkst. kubinių metrų ir yra didžiausia per visą įmonės veiklos laikotarpį.

2006 m. UAB “Hermis Capital” kartu su susijusiomis įmonėmis įsigijo kontrolinį pagrindinio įmonės akcininko UAB „Naftos gavyba” akcijų paketą, išrenkama nauja AB „Geonafta“ ” valdyba.

2009 sausio 6 d. Įsigaliojo akcijų pirkimo sutartis, pagal kurią AB „Geonafta“ iš akcinės bendrovės SPE įsigijo 50 proc. UAB „Genčių nafta" akcijų. AB „Geonafta“ tapo vienintele UAB „Genčių nafta" akcininke.

2009 rugpjūčio 7 d. Baigtas bendrovės reorganizavimas prie AB „Geonafta“ prijungiant AB „Naftos gavyba“. AB „Naftos gavyba” savo veiklą baigė ir buvo išregistruota iš Lietuvos Respublikos Juridinių asmenų registro. AB „Geonafta“ tęsia jos veiklą bei perima visą AB „Naftos gavyba” turtą, teises bei įsipareigojimus.

2011 vasario 3 d. UAB „LOTOS Baltija“ įsigijo 100 proc. akcijų, priklausančių UAB „Meditus“ – vienam iš bendrovės akcininkų. „LOTOS Baltija‘‘ yra kitos akcininkės -- Lenkijos įmonės „LOTOS Petrobaltic S.A“ antrinė kompanija. Po šio perėmimo AB „Geonafta“ 100 procentų tapo „LOTOS Petrobaltic S. A.‘‘ dukterine bendrove.

2011 lapkričio 30 d. AB „Geonafta“ reorganizuota į AB „LOTOS Geonafta.‘‘ Prie bendrovės prijungtos įmonės „LOTOS Baltija‘‘ ir „Meditus“.

2012 lapkričio 28 d. AB „LOTOS Geonafta“ įsigijo 100 proc. UAB „Manifoldas“ akcijų.

Per daugiau negu 50 veiklos metų AB „LOTOS Geonafta“:

• atliko daugiau kaip 20 000 km 2D ir daugiau kaip 600 km3 3D seisminių profilių;
• išgręžė per 400 gręžinių parametrinių, struktūrinių, paieškos ir žvalgybos gręžinių;
• išryškino daugiau negu 20 perspektyvių struktūrų;
• iš viso surasta apie 8 mln. tonų išgaunamų naftos išteklių;
• Bendras gręžinių ilgis sudaro apie 742 kilometrus;
• įmonės veikloje sunaudota apie 844 kilometrus įvairių vamzdžių.